Magnussons lagkamrater Elvira Öberg, två bommar, och Hanna Öberg, fyra bommar, hade det lite tuffare.
– Jag hade ingen bra känsla på skjutvallen, säger Elvira som blev elva.
Hanna Öberg slutade på en 50:e plats.
När Magnusson gick ut från det första skyttet så var hon i ledningen med dryga tio sekunder före Franziska Preutz, Tyskland.
– Jag gick hårt på det första varvet och jag ville få rygg på Elvira och det hade jag ett tag, säger Magnusson till Svt.
Under det andra varvet tappade hon dock i spåret och trots ett fullt ståskytte så var hon dryga fem sekunder efter tyskan ut på spurtvarvet.
I mål så var Anna Magnusson fyra bara 13 sekunder från pallen.
– Jag gav verkligen allt på slutvarvet och var helt död på slutet, säger hon.
Martin Ponsiluoma som blev bästa svensk på åttonde plats hade tre missade skott, men samtidigt var han en av de snabbaste i spåret.
Piteå Skidskytteklubbs Peppe Femling var tillbaka på världscupen. Femling missade fyra skott och tog sig i mål som 81:a.
Resultat
Damer sprint
1) Justine Braisaz Bouchet, Frankrike, 2) Franziska Preutz, Tyskland, 3) Sophie Chauveau, Frankrike, 4) Anna Magnusson, 11) Elvira Öberg, 12) Mona Brorsson, 18) Linn Persson, 23) Sara Andersson, 52) Hanna Öberg.
Herrar sprint
1) Benedikt Doll, Tyskland, 2) Sturla Holm Lägreid, Norge, 3) Endre Strömsheim, do. 8) Martin Ponsiluoma,10) Sebastian Samuelsson, 12) Jesper Nelin, 39) Emil Nykvist, 59) Viktor Brandt, 81) Peppe Femling.