Det var Nilimaas andra raka seger i tävlingen.
– Totalt har jag vunnit Bodenloppet tre gånger. Nu var jag överraskad, eftersom jag inte kunnat träna lika mycket som tidigare, säger Nilimaa.
Tre åkare gick loss efter första varvet och följdes åt fram till upploppet. Då gick Nilimaa vid sidan om Henriksson och avgjorde sekundstriden. Henriksson är skidospecialist men visade att han behärskar långlopp också.
Jonny Nilimaas segertid 1.44,26 är nytt rekord för tävlingen.
Bodenloppet är seedningsgrundande för Vasaloppet, men varken Nilimaa eller Henriksson ställer upp i Vasan.
– Jag har tråkiga minnen från den tävlingen. När jag deltog 2011 drabbades jag av hjärtmuskelinflammation. Nu är jag inte tillräckligt tränad för Vasaloppet, säger Nilimaa.
Storfavoriten Nina Lintzén, STIL, motsvarade förväntningarna och vann damklassen, 12,54 före Åse Borgeryd, Strömnäs.
Boden SK:s långlopp behåller greppet om skidåkarna. Nu startade över 200 åkare i de båda huvudklasserna, 176 herrar och 36 damer.