Munksund fick kämpa i underläge i större delen av matchen.
Linköping tog ledningen i slutet av den första perioden.
Men hemmalaget kom igen två minuter in i tredje perioden - trodde dem.
Rebecca Stenberg styrde in pucken bakom landslagsmålvakten Kim Martin - men efter en lång överläggning domarna emellan dömdes målet bort för hög klubba.
Irriterad
- Jag tycker det är katastrof. Regeln är väl att klubban får vara under ribban och det tycker jag att den är. Jag vet inte vem som är på den, jag tror det är Rebecca (Stenberg). Hon är inte så lång heller och håller ner klubban bra. Jag vet inte varför hon dömer bort målet faktiskt, säger Sophie Johansson.
Men Rebecca Stenberg själv var mer nedtonad i sin kritik mot domslutet.
- Det kommer in en puck mot mål som jag försöker styra, sen om det är mål får domarna avgöra. Hon bestämde så, säger Munksunds lagkapten.
- Vi redde ut det så det är lugnt.
Dryga minuten senare tryckte Linköping in 0-2, som senare skulle bli slutresultatet.
Den korta perioden skulle visa sig helt avgörande för utgången av matchen.
- 1-1-målet ska vara godkänt. Hade vi fått det tror jag att vi hade varit mer på tå. Då hade vi tryckt in ett andra mål, säger Sophie Johansson.
Förtjänade vinsten
En bild som Linköpingsmålvakten Kim Martin delar.
- Ja, det hade ju blivit 1-1 så det hade ju förändrat matchen ganska rejält. Men jag tycker faktiskt att vi förtjänar att vinna, säger hon.