Matchen slutade 2-1 (0-0) efter att Boden avgjort matchen i andra halvlek.
Segern var Bodens fjärde på de senaste fem matcherna.
Bodens målskyttar var Renan Correa Faustini och Adam Johnson, medan Stefan Lagergren gjorde målet för Stöde.
Det här betyder att Boden nu ligger på fjärde plats i tabellen, och Stöde är på tredje plats.
Onsdag 7 juli 18.00 spelar Boden borta mot Notviken.