Besöket ses som ett steg mot att förbättra den ansträngda relationen mellan de två länderna, som länge präglats av svårlösta historiska trätor. Yoon och Japans premiärminister Fumio Kishida väntas under torsdagens möte inte minst diskutera stärkt militärt samarbete i ljuset av Nordkoreas fortsatta robottester.
Inför mötet uppger Sydkoreas handelsminister att Japan har gått med på att slopa exportkontroller gentemot Sydkorea.
Sydkorea och Japans relation präglas än i dag av Japans ockupation och kolonialstyre, som varade från 1910 fram till andra världskrigets slut 1945. Inför Yoons Tokyoresa har sydkoreaner upprepade gånger protesterat i huvudstaden Seoul. På torsdagen stämde en grupp sydkoreaner den japanska industrijätten Mitsubishi Heavy Industries, med krav på ersättning för att ha tvingats till tvångsarbete i bolagets fabriker under krigen.