Domen i en domstol i Moskva innebär att stiftelsen förbjuds med omedelbar verkan.
Tidigare i juni klubbades en lag som förbjuder ledande personer inom extremiststämplade organisationer att ställa upp i val under fem år. Även medlemmar på lägre nivå, samt finansiärer, ska kunna diskvalificeras under tre år. Kritiker befarar att lagen därmed även riskerar att drabba de tiotusentals personer som stöttat Navalnyjs nätverk med donationer.
Kommer inte retirera
I slutet av april fick Navalnyjs regionala kampanjnätverk en liknande stämpel.
Aktivisten, juristen och bloggaren Navalnyj har gjort sig känd för sin skarpa kritik mot president Vladimir Putin, och för sitt arbete mot korruption.
"Jag kommer inte ens att diskutera det skämt som kallas 'domstol' i Ryssland", skriver Navalnyjs team på Instagram. "Vi kommer inte att ge upp våra mål och idéer", fortsätter inlägget, som uppmanar till fortsatt stöd.
Raab: "Perverst"
Storbritanniens utrikesminister Dominic Raab fördömer domstolsbeslutet, som han kallar "perverst".
– Det är ytterligare en kafkaartad attack på dem som tar ställning mot korruption och för öppna samhällen, säger han enligt nyhetsbyrån AFP.
Tidigare i år dömdes Navalnyj till tre och ett halvt års fängelse för brott mot reglerna för en tidigare villkorlig dom om förskingring. Regimkritikern hade låtit bli att anmäla sig hos sin övervakare när han låg i koma i Tyskland efter att ha förgiftats med det Sovjetutvecklade nervgiftet novitjok.
Sarkastiska kommentarer
Navalnyj har även åtalats för andra brott, anklagelser som hans anhängare och många utomstående bedömare anser är politiskt motiverade. Så sent som i maj anklagades han enligt egen utsago för tre nya brott, något han kommenterade i ett sarkastiskt Instagraminlägg.
"Mitt inflytelserika brottssyndikat växer", skrev Navalnyj då. "Jag begår fler och fler brott."