Bland de tilltänkta offren fanns den före detta domaren i ett av landets största korruptionsfall, tillika tidigare justitieministern Sérgio Moro.
Omkring 120 poliser deltog i insatsen för att verkställa tiotals arresteringsorder och husrannsakningar runt om i landet.
Moro har hotats av en Brasiliens mest ökända narkotikaligor, skriver han på Twitter och tackar polisen för insatsen.
Sérgio Moro var ledande domare 2014–2018 i rättegångarna som följde efter en omfattande antikorruptionsinsats, kallad operation biltvätt. En av dem som dömdes var Luiz Inácio Lula da Silva, som nu är Brasiliens president.
Moro har även varit justitieminister under den förre presidenten Jair Bolsonaro.