Nu har rättsprocesserna mot dem inletts, uppger kinesiska myndigheter.
Gruppen stoppades av kustbevakningen runt sju mil sydöst om Hongkong. De överlämnades därefter till polis i Shenzhen på det kinesiska fastlandet.
Två av de tolv misstänks ha organiserat resan. Åtta anklagas för att illegalt ha försökt passera gränsen till Taiwan, medan två minderåriga inte tros komma att åtalas. Några av båtflyktingarna misstänktes sedan tidigare för brott i Hongkong under fjolårets omfattande och stundtals våldsamma prodemokratiska protester.
Sedan aktivisterna greps har deras advokater haft svårt att nå dem och familjemedlemmar har uttryckt oro för deras liv.
En dom väntas inom de kommande månaderna.