I en framtidsprognos pekar den statliga myndigheten ut flera hotade arter som är livsviktiga för näringskedjan i Östersjön.
Rapporten bygger bland annat på SMHI:s bearbetning av uppgifter hämtade från FN:s klimatpanel.
– Det är många arter som kan komma att försvinna från stora delar av Östersjön, vilket kan få katastrofala effekter för ekosystemet, säger Jonas Paulsson, utredare på Havs. och Vattenmyndigheten.
Redan i dag erbjuder Östersjön känsliga levnadsförhållanden för växt- och djurlivet. Speciellt i de djupaste delarna finns det inte längre något liv på havsbotten på grund av övergödning.
Enligt forskarna finns det en överhängande risk för ytterligare miljöförsämringar fram till nästa sekelskifte. Orsaken är att vattnet spås bli varmare och sötare bland annat på grund av ett ökat regnande i framtiden.
Framtidsrapporten varnar för att blåmussla, tång och sill kan försvinna från Bottniska viken.
Miljöförändringen innebär ett hot mot fisket, hävdar rapporten från Havs- och Vattenmyndigheten. Den minskande salthalten medför att torskens ägg inte kan befruktas.
Ett öppet hav kan få förödande konsekvenser för vikaresälen som föder sina ungar på isen. Prognosen pekar på att Bottenviken vid sekelskiftet är isfri året om, vilket gör att hela arten riskerar att utplånas.
– En framtidsprognos innehåller alltid ett mått av osäkerhet, men det går redan i dag att upptäcka indikationer som understryker hotet mot Östersjön. Vår rapport bygger den bästa information som går att uppbringa i dag, säger Jonas Paulsson.
Rapporten heter "Möjliga klimatrefugier i Östersjön baserat på två olika scenarier".