År 2013 passerade 4 782 passagerare Pajala flygplats. Samma siffra förra året var 6 365 passagerare, enligt färsk statistik om luftfart från myndigheten Trafikanalys.
Ökningen var mest i hela landet bland de mindre flygplatserna, trots de omfattande problemen med flybolaget Avies som nyligen blev av med kontraktet på sträckan mellan Luleå och Pajala. De många inställda turerna gjorde att Trafikverket bröt kontraktet och för tillfället trafikerar inga reguljära flyg Pajala. Till hösten ska en nya operatör ha upphandlats.