Millgård, som varit föremål för en utredning kring arbetsmiljön på kommunen, gjorde sin sista arbetsdag på torsdagen.
Kommunen uppger att det ligger hälsoskäl bakom beslutet, bland annat relaterat till hård arbetsbelastning.
– Stefan har varit driven och fått mycket gjort under sin tid som kommunchef. Vi har haft ett nära och bra samarbete, säger kommunstyrelsens ordförande Ulrica Hammarström (S).
– På det stora hela är det jag nöjd med min tid och det har varit roligt att få arbeta tillsammans med kunniga och engagerade kollegor, säger Stefan Millgård.
Ekonomichefen Eva Henriksson går in som tillförordnad kommunchef. Rekryteringen av en ny kommunchef har påbörjats.
Millgård har sex månaders uppsägningstid enligt avtal. Hans lön är 78 000 kr. Han kommer att vara arbetsbefriad.