Anslagskrediten har överskridits med 3,7 miljoner kronor, trots att regeringen höjt anslaget. Riksrevisionen anser vidare att den resultatredovisning som Sameskolstyrelsen har lämnat är missvisande, eftersom intäkter inte har fördelats ut på olika verksamhetsområden. Vidare har lokalkostnader redovisats felaktigt. Sameskolstyrelsen är sen med att fakturera ut elevavgifter och har inte skickat ut betalningspåminnelser för en del av 2015. Riksrevisionen bedömer att myndigheten har brustit i sina inköp och gjort otillåtna direktinköp, istället för att upphandla tjänster i konkurrens.
Riksrevisionen slår också ned på att sameskolstyrelsen inte har gjort några inventeringar av sina tillgångar vare sig 2014 eller 2015.