Brotten ska, enligt chefsåklagare Anna Bergström, ha skett under tre månader i år, mellan april och juni.
Skillnaden mellan våldtäkt mot barn och grov våldtäkt mot barn är i de här fallen brottsoffrets låga ålder, enligt åklagaren.
Den misstänkte mannen är i 25-årsåldern och bor i en mindre kommun i Norrbotten.
Under fredagens häktningsförhandling sade mannens försvarare Jan Wennerbrandt att hans klient förnekar brottet i sin helhet. Därefter beslutade tingsrätten att resterande del av häktningsförhandlingen skulle ske inom stängda dörrar.
När förhandlingen åter öppnades sade rättens ordförande Stefan Lundstig att den misstänkte mannen är på sannolika skäl misstänkt för grov våldtäkt mot barn.
Häktningsskälen är bland annat att det finns risk att mannen på fri fot fortsätter att begå brott.
Den som, med ett barn under 15 år, genomför ett vaginalt, analt eller oralt samlag eller en annan sexuell handling som med hänsyn till kränkningens allvar är jämförlig med samlag, döms för våldtäkt mot barn kan få fängelse i lägst tre och högst sex år.
Är brottet grovt, som den nu misstanke mannen anklagas för, ligger straffet på minimum fem år och max tio år.
Advokat Jan Wennerbrandt var dämpad efter beslutet.
– Anklagelsen grov våldtäkt mot barn är nästan värre än att bli anklagad för mord, sade han.
Åtal ska väckas senast den 21 juli men den här typen av utredning brukar ta flera månader.