Ytterligare två plan på Kallax väntade på avgång, medan ett kronplan för militärer ställs in och går iväg under fredagen. Militärerna fick åka buss tillbaka till sina förläggningar.
Felet i radiokommunikationerna kvarstod tidigt på fredagen, men trafiken återupptogs med 50 procent av maxkapaciteten.
– Vad det betyder exakt vet jag inte. Passagerarna får ta reda på vad som gäller deras avgångar, sade Elaene Lundman, presskontakt på Luftfartsverket, vid 05-tiden.
På Luleå airport beräknas förseningarna till 3 till 3,5 timmar vid 7.30-tiden på fredagsmorgonen. Passagerarna uppmanas dock att komma till flygplatsen.
Omkring 800–900 passagerare berördes av problemen.
Genom att de svenska passagerarplanen tog en östligare kurs än vanligt mellan Arlanda och de norrländska kuststäderna på torsdagskvällen kunde finska flygledare hålla kontakt med dem under resan.
Det var ett tekniskt fel med anknytning till Luftfartsverkets kontrollstation i Stockholm som ledde till att flygningarna ställdes in.
Felet gjorde att kontrollcentralen i Stockholm inte kunde få kontakt med flygplanen i norra Sverige. Alla planerade starter norrut från Arlanda stoppades och planen som redan var i luften fullföljde sina flygningar med andra rutiner.
Vad som orsakat felet är oklart.
Radioproblem uppstod i en trafikkontrollcentral i Stockholm under eftermiddagen och flygplan i luften tappade helt eller delvis kontakt med flygledartornen som fick hjälpa planen ner på alternativa sätt. Under kvällen spred sig felet.
Informationschefen Anders Stålhammar vid flygtrafiktjänsten säger att felsökning pågår och att all trafik norr om Jönköping står stilla sedan några timmar.
- Vi vet inte vad för fel som uppstått men felet påverkar all flygning från Jönköping och upp till Treriksröset, säger han.
Från Sundsvall och norröver hade Stockholmscentralen inte någon radiokontakt alls.
Vid 20-tiden under torsdagskvällen stod två eller tre plan på Arlanda. De skulle ha flugits upp till Norrbotten, men nu är det oklart när planen kan starta, om de alls kan starta under torsdagskvällen.
I flygledartornet i Luleå sade de anställda att allt fungerar perfekt, men flygen är inställda.
- Jag klev på mitt skift nu i kväll vid 19.30-tiden och fick då veta att inga plan har starttillstånd. Inga plan finns i luften men om några funnits så hade vi haft kontakt med dem som vanligt eftersom allt fungerar här, säger en av de anställda på Kallax.
Ett Fly Nordic och ett SAS-plan stod redo i Luleå under kvällen.
De charterturister från Thailand som blivit mycket försenade på gurnd av en skada på deras flygplan, landade i Luleå vid 2-tiden natten till fredagen.