Masten skulle placeras på ett skjutfält i ett så kallat stoppområde där inga civila installationer tillåts.
Försvarsmakten överklagar nu beslutet till mark- och miljödomstolen.
I länsstyrelsen beslut har bara hänsyn till naturen, renskötsel och fornlämningar tagits.
Lombens skjutfält sträcker sig över Kalix och Överkalix kommuner.