Informationen går ut till medlemsföreningarna vid ett möte på onsdagskvällen.
– Det är naturligtvis den tråkiga historien med förskingringen som ligger bakom, säger Christer Högström, ordförande i FAJ.
Alliansen klarar inte längre att finansiera kanslitjänsten.
– Vi blev av med 100 000 kronor själva. Vi har bara tappat två mindre föreningar sedan det hände men det har gjort det i stort sett omöjligt att få in nya. Förtroendet för oss försvann, säger Högström.
Läs mer: "Svindlerihärvan växer"
Läs mer: "Hon har tagit pengar"
Nu försvinner också en del av finansieringen, när det integrationsprojekt som FAJ drivit tillsammas med ungdomsgården Östra hörnet tar slut.
– Det saknas ungefär 25 000 kronor i månaden för att kunna finansiera en heltidsanställd kanslist. Vi har 10-12 föreningar nu och skulle behöva 3-4 stora föreningar till för att få ihop det.
Om FAJ tvingas stänga blir det ett hårt slag mot Jokkmokks föreningar, som då tvingas sköta tungrodd administration själva. Högström har haft möte med kommunen för att försöka hitta en finansieringslösning.
– Jag har haft samtal med politiker och tjänstemän på högsta nivå. Responsen har varit positiv. Jag hoppas att det under den månad som uppsägningstiden gäller kan komma fram en lösning så vi slipper stänga. Kanske om det går att hitta finansiering i bygdemedel och på kultur- och fritidssidan i kommunen.
Läs mer: Plundrade idrottsföreningar på miljoner – åtalas
Totalt försvann 3,7 miljoner kronor vid brottet, som uppdagades förra våren. En kvinna i 60-årsåldern har åtalats för grov förskingring. Pengarna kom från ett antal ideella föreningars konton och en anhörigs företag.