Pekkari tog sig i mål en minut och 14 sekunder efter norska Kari Öyre Slind som vann tidskvalet.
78 unga kvinnor startade i tidskvalet.
Men vann hela sprinten, det gjorde svenska Hanna Brodin, som var en tiondel efter Slind i kvalet och sedan vann alla lopp till och med final.
Hanna Brodin slog till direkt och tog guld när junior-VM i längdskidor inleddes på måndagen. 19-åringen från Falun-Borlänge vann före norskorna Ingvild Flugstad Östberg och Kari Öyre Slind.
– Jag tog starten och sedan var det bara att köra, sade Brodin.
Hanna Brodin var näst snabbast i tidskvalet och ledde samtliga utslagsheat hela tiden på vägen mot guldet.
– Ett JVM-guld är ganska stort. Framför allt är det roligt, sade Brodin i telefon till TT efter sin guldstart på mästerskapet.
Och mer är att vänta. Hanna Brodin är trots sin ringa ålder redan rutinerad. Förutom att hon nu gör sitt tredje junior-VM har hon erfarenhet från såväl VM förra året som världscupen och Tour de ski i seniorsammanhang.
Förra vintern tog hon två individuella medaljer i junior-VM och silver i stafett.
Hon ställer upp i alla grenar i år också.
– Visst hade jag förväntningar när jag kom hit, sade hon.
– Att bara ha kul och göra sitt bästa är det viktigaste. Sedan brukar jag ha resultatmål för mig själv – det uppnådde jag i dag i alla fall.
Bakom Brodin blev Lisa Larsen, ett annat stort framtidshopp på damsidan som liksom Brodin ingår i landslagets utvecklingslag, utslagen i kvartsfinal. En missräkning för Sundbybergstjejen, som hakade i en annan åkare och missade chansen att gå vidare.
På herrsidan gick Victor Gustafsson och Anton Karlsson vidare från tidskvalet, men slogs ut i kvartsfinalerna. Herrklassen vanns av Thomas Northug, bror till den norske skidkungen Petter.