Den osedvanliga gesten sker inför de muslimska religiösa högtiderna id al-adha och id al-ghadir, enligt ett uttalande på Khameneis officiella webbsida.
Totalt kommer 2 135 fångar i iranska fängelser att inkluderas i strafflindringarna.
Sedan i mars har redan fler än 60 000 interner i det hårt virusdrabbade landet getts permission i ett försök att stoppa spridningen av covid-19. Nästan 18 000 människor i Iran har hittills avlidit till följd av viruset.