Rankningen gjordes första gången 2004, och i denna reviderade version har över 250 musiker, kritiker och branschfolk röstat och totalt har nära 4 000 låtar nominerats.
Förra gången hamnade Bob Dylans "Like a rolling stone" i topp men får nu se sig nedpetad till en fjärdeplacering. Public Enemys "Fight the power" och Sam Cookes "A change is gonna come" hamnar tvåa respektive trea.
John Lennons "Imagine" glider också flera placeringar sedan förra rankningen, från andra till 19:e plats.
Den bästa placeringen för en svensk låt knips av Robyn, som hamnar på 20:e plats med sin "Dancing on my own".
Enligt redaktionen för Rolling Stone ger den nya listan "en mer expansiv, inkluderande vision av popen, musiken som fortsätter skriva om sin historia för varje beat".