På julaftonen 1652 donerade drottning Kristina ön Småskär till Luleå stad. Då fanns det inte någon gudstjänstlokal på ön.
Kapellet anses byggt på 1720-talet genom frivilliga bidrag. Det är byggt av grovt timmer. Ser man till dimensionerna kan inte timret ha tagits på ön utan måste ha växt långt inåt land.
Kapellet är liksom flera av skärgårdens kapell förråd som stått på fastlandet och sedan fraktats ut. Inredningen är enkel med kraftiga träbänkar utan ryggstöd, anspråkslös altarrund och predikstol. Altarrunden kan möjligen vara från Luleås första kyrka.
Altartavlan är målad år 1926 av konstnären Fridtiof Erichsson. Han var känd som en mycket kunnig och noggrann kyrkorestaurerare. Tavlan sitter i en ram från år 1757 och är tredelad med stiliserade landskap. Motivet är Kristus tröstaren ”Kommen till mig i alla som arbeten och ären betungade och jag ska vederkvicka Eder”.
Tavlans transport till Småskär blev speciell. För transporten anlitades några junköbor. Erichsson tog med sig gode vännen konstnären Bertil Linné från Boden. Innan avfärd diskuterade de om de skulle ta med någon bättringsfärg och Linné insisterade på det, något som skulle visa sig vara helt rätt.
Tavlan placerades i en släpjolle. Erichsson ville täcka tavlan men det var onödigt tyckte junköborna. Det blev sjögång på Brändöfjärden och när de kom fram var tavlan blöt. Vad göra? Räddningen blev lakan som fiskarkvinnorna ställde upp med och ett försiktigt värmt strykjärn. Efter lite påbättringar med färg kunde tavlan sättas på plats.
Tavlan är en gåva av direktör Rudolf Isaksson i Luleå. Han har också skänkt en tavla av Luleå domkyrka jämte de inramade båda lampetterna.
Lampetterna som flankerar altartavlan är en gåva av en köpman i Falun och ljusstakarna på altaret har skänkts av direktör Ola Olsson, Luleå. Bibeln slutligen har fiskare på Småskär skänkt.
Glädjande nog har kapellet genom åren vårdats så att det i stort sett bibehållit sin ursprungliga prägel. Nödvändiga arbeten har gjorts för att avvika så litet som möjligt från tidigare utförande. Domkyrkoförsamlingen har just nu ett pågående arbete.
Det är ingen slump att det finns kapell på några öar i den norrbottniska skärgården. Historien går tillbaka till 1700-talet. I hamnordningen från 1771 kan vi läsa ”...är Kyrkan så aflägsen, at Fiskare samma dag icke kunna til Fisket återhinna, anmäles sådant hos Consistorium, som försorg drager, at en Prästman til Gudstjensts hållande i Fiskeläget under Fisketiden warder utsedd, emot then vedergällning, som med Fiskelaget träffas kan”.
Kort betyder det att den som fiskade kunde befrias från kyrkoplikten om det fanns någon som höll gudstjänst och helst också ett kapell, även om det inte sägs direkt.
Småskärs kapell är 300 år och det äldsta bevarade längs Norrbottenskusten. Tidigare fanns, liksom i flertalet av kapellen, ett fönster i öster men det är igensatt och där sitter altartavlan. I kapellet finns även smårutiga blyinfattade fönster.