Endast elva järvhonor med ungar hittades i länet. Det innebär en drastisk minskning jämfört med föregående år, när 35 föryngringar påträffades.
Länsstyrelsen tror att dåliga väderförhållanden kan ha medfört till det oroande resultatet.
– Ogynnsamma väderförhållanden med blida, regn och stormar under mars och april försvårade inventeringsarbetet avsevärt, säger rovdjurshandläggare Alexander Winiger.
Länsstyrelsen överväger att genomföra en mer omfattande spillningsinventering för att kunna individbestämma så många av länets järvar som möjligt.
Lodjursstammen uppges vara stabil. Länsstyrelsen uppskattar att det finns 135-180 lodjur i Norrbotten. 28 föryngringar hittades under inventeringen, främst i Tornedalen, i södra inlandet samt längs fjällkedjan.
En DNA-analys visar att minst en varg har uppehållit sig i länet under stora delar av säsongen 2015/16. Dessutom har ytterligare vargspår kvalitetssäkrats i två olika områden. I samtliga fall handlar det om vandringsvargar som söker efter en partner eller att etablera ett nytt revir.
66 häckningar av kungsörnar hittade bland Norrbottens 250 kända revir. 63 av häckningarna har resulterat i levande ungar. Ett kungsörnsbo i Jokkmokksfjällen rapporteras ha innehållit tre ungar, vilket betecknas som mycket sällsynt.
Resultatet av inventeringen av björnstammen är fortfarande inte klar. Totalt har 1 546 prover med spillning lämnats in. Analysen görs vid Naturhistoriska riksmuseet och beräknas vara klar under nästa år.